Komplike fistüller; sebepleri ve sonuçları yönünden zorlukları olan iltihap kanallarıdır. Bunların çoğu basit bir anal bez enfeksiyonundan çok, üst üste yaşanmış apseler, travmalar, Crohn hastalığı, kanser veya radyasyon gibi çetrefilli sebeplere bağlı gelişirler. İltihap kanalı derin, dallı veya kıvrımlı olabilir.

Sonuçlar yönünden ise; zor tedavi süreçleri, tedavi edildikleri halde iyileşmeme veya iyileşse bile tekrarlama gibi durumlar söz konusu olabilir. Ayrıca anüsün yakın çevresinden derine-öteye yayılmış fistüllerde, müdahale aşamasında dışkılama kontrolünden sorumlu yapılar ciddi riskaltına girebilir. Bu tür vakaların ameliyatlarından sonre gaz ya da büyük abdes kaçırmaproblemleri olabilir.